Специальность «Лечебное дело» в Шымкентском государственном медицинском институте была открыта в 1992 году. Первым деканом лечебного факультета был профессор Кудабаев Канапия Жумагазиевич. В 1996-1997 гг. деканом факультета был доцент Бекетов Галымжан Ильясович. С 1997 г. деканом был назначен д.м.н., профессор Карабеков Агабек Карабекович. С 1999 года деканат лечебного факультета возглавил профессор Сисабеков Касымхан Ермекбаевич. В 2003 году на должность декана лечебного факультета была назначена доцент, к.м.н. Анартаева Мария Уласбековна.
В 2012 году по приказу ректора №222 от 08.10.2012 г. создан медицинский факультет. Первое руководство работой медицинского факультета осуществлялось д.м.н., профессором, лауреатом Государственной премии Республики Казахстан Карабековым Агабек Карабековичем. С 2015 года деканом факультета назначена к.м.н., и.о.профессора Долтаева Бибигуль Зайдуллаевна. В 2022-2024 гг. – деканом факультета был Сагтаганов Жаксыбек Илесбекович. С января 2024 г. деканом факультета медицины является к.м.н., доцент Сейдахметова Айзат Ашимхановна.
Факультет является подразделением ЮКМА, осуществляющего подготовку студентов по нескольким специальностям, определяющим профиль подготовки, а также осуществляет учебно-методическую, научно-исследовательскую, воспитательную деятельность. В настоящее время факультет осуществляет подготовку по следующим образовательным программам бакалавриата: «Общая медицина», «Медицина», «Педиатрия», «Стоматология», «Общественное здоровье», «Общественное здравоохранение», «Сестринское дело», «Медико-профилактическое дело».
В данное время на факультете медицины обучаются свыше 2000 студентов из разных городов Казахстана и других стран СНГ. Ежегодно обладателями именных стипендий Президента РК являются обучающиеся образовательных программ «Общая медицина» и «Педиатрия».
На факультете количество штатных преподавателей – 279. Из них доктора наук – 20, кандидаты наук – 66, доктора PhD – 9, магистры – 57, врачи высшей категории –94, врачи первой категории – 6.
Факультет объединяет кафедры, относящиеся к образовательным программам, включенным в состав факультета, общенаучные и общеобразовательные кафедры, которые по содержанию своей работы наиболее близки профилю факультета.