«Емдеу ісі» мамандығы 1992 жылы Шымкент мемлекеттік медицина институты негізінде ашылды. Алғашқы деканы болып профессор Құдабаев Қанапия Жұмағазыұлы тағайындалды. 1996-1997 жылдары декан қызметін доцент Бекетов Ғалымжан Ильясұлы атқарды. 1997 жылдан бастап емдеу факультетінің деканы болып м.ғ.д., профессор Қарабеков Ағабек Қарабекұлы тағайындалды. 1999 жылдан бастап емдеу факультетінің деканы қызметін профессор Сисабеков Қасымхан Ермекбайұлы атқарды. 2003 жылы емдеу факультетінің деканы қызметіне м.ғ.к., доцент Анартаева Мария Ұласбекқызы тағайындалды.
2012 жылы академия ректорының 08.10.2012 жылғы №222 бұйрығы бойынша медицина факультеті құрылды. Медицина факультетінің бірінші деканы қызметін м.ғ.д., профессор, Қазақстан Республикасының Мемлекеттік сыйлығының лауреаты Қарабеков Ағабек Қарабекович атқарды. 2015 жылдан бастап медицина факультетінің деканы қызметін м.ғ.к., профессор м.а. Долтаева Бибігүл Зайдуллақызы атқарды. 2022-2024 жж. – Сагтаганов Жаксыбек Илесбекович декан қызметін атқарды. 2024 ж. қаңтар айынан бастап факультет деканы болып м.ғ.к., доцент Сейдахметова Айзат Ашимхановна тағайындалды.
Факультет студенттердің бірнеше жақын мамандықтарының дайындығын іске асыратын, оқу-әдістемелік, ғылыми-зерттеу, тәрбие жұмыстарымен айналысатын ОҚМА құрылымдық бөлімі болып табылады. Қазіргі таңда медицина факультеті бакалавриат білім беру бағдарламаларын дайындауда: «Жалпы медицина», «Медицина», «Педиатрия», «Стоматология», «Қоғамдық денсаулық», «Қоғамдық денсаулық сақтау», «Мейіргер ісі» және «Медициналық-профилактикалық іс».
Қазіргі кезде медицина факультетінде Қазақстанның барлық қалаларының және ТМД елдерінен 2000-ға жуық студент білім алады. Жыл сайын «Жалпы медицина» және «Педиатрия» білім беру бағдарламалары білім алушылары ҚР Президентінің атаулы стипендиясының иегерлері болып табылады.
Факультет кафедраларындағы штаттық педагогикалық оқытушылар құрамының саны - 279. Оның ішінде ғылым докторлары - 20, ғылым кандидаттары - 66, PhD докторлары – 9, магистрлар – 57, жоғары саннаттағы дәрігерлер - 94, бірінші саннаттағы дәрігерлер -6.
Факультет білім беру бағдарламаларына байланысты факультеттің құрамына қарасты барлық кафедралар, өз жұмыстары бойынша факультеттің бағдарына жақын жалпы ғылымдық және жалпы білімдік кафедраларды біріктіреді.