1993 жылы Шымкент фармацевтикалық институтының негізінде Медицина факультеті құрылып, оның құрамында Жалпы хирургия кафедрасы ұйымдастырылды. 1994-1995 жылдары факультет және госпитальдық хирургия кафедралары құрылды. 2009 жылы ОҚММА-ның ОҚМФА- болып қайта құрылуына байланысты №1 және №2 Хирургиялық пәндер кафедралары болып қайта құрылды. 2012 жылға дейін бөлек жұмыс істеп келді.2012 жылы екі кафедра да бір хирургиялық пәндер кафедрасына біріктіріліп, Хирургия-1 және Хирургия-2 кафедрасы болып, 2002 жылдың шілде айына дейін жұмыс істеді.
2023 жылдың қыркүйегінде Хирургия-2 кафедрасының атауы «Хирургия, онкология және травматология» болып өзгертілді, 2025 ж. қыркүйек айынан бастап «Хирургия және онкология» болып өзгертілді.
2018 жылы Оңтүстік Қазақстан мемлекеттік фармацевтика академиясы (ЮКГФА) қайта ұйымдастырылып, «Оңтүстік Қазақстан медициналық академиясы» АҚ болып құрылды. Кафедраны әр жылдары төмендегі оқытушылар басқарды: 1993–1996 жж. — профессор Сексенбаев Д.С., 1996–1998 жж. — медицина ғылымдарының докторы Абдиев О.С., 1998–2001 жж. — профессор Сексенбаев Б.Д., 2001–2002 жж. — профессор Рысбеков М.М., 2002–2006 жж. — профессор Тажимуратов Р.Т., 2007–2009 жж. — профессор Бигалиев М.Х., 2009–2012 жж. — доцент Жумабаев Т.Ж., 2013–2018 жж. — доцент Жумагулов К.Н.
2018 жылдың маусым айынан бастап қазіргі уақытқа дейін хирургиялық пәндер кафедрасын, қазіргі атауы — Хирургия және онкология кафедрасын, медицина ғылымдарының докторы, профессор м.а. Абдурахманов Б.А. басқарып келеді.
Осы жылдар ішінде кафедрада келесі профессорлар қызмет етті: Сексенбаев Д.С., Баймаханов Б.Б., Бигалиев М.Х., Құлакеев О.Қ., Баймұхамбетов Ж.Ж., Тәжімұратов Р.Т., Мадалиходжаев Р.С., Байдибеков М.У., Сейдинов М. доценттер: Темірқұлов А.Т., Худайбергенов А.А., Жаңабаев Н.С. (PhD), Түменбаева Ж.С. (PhD); медицина ғылымдарының кандидаттары: Песин А.Л., Жолдыбаев Ж.Ж., Әжімбаев Р.Ю., Сұлтанов Е.Е., Әділбеков А.Қ., Жұмабаев Т.Ж., Цой К.В., Сариева А.А., Айнабеков А.А. Баймедетов Р.Е., Жантеев М.Е., Шерімбетов Н.А., Есенгелдиев А.А.; медицина магистрлері: Аширов Б.О., Илимова А.К., Мамытхан Р.С.; көмекшілері: Даутов У.А., Төлемісов Қ.Ж., Сұлтанов Қ.У.
Чулпанов О.Ю., Жұмабаев Д.Т., Дущанов Н.С.
Кафедрада бакалавриат деңгейінде «Стоматология» бағдарламасы бойынша Жалпы хирургия пәнін 2, 3, 4 курс студенттері оқиды; «Медицина» және «Педиатрия» бағдарламалары бойынша 3 курс студенттері Жалпы хирургияны, ал 4 курс студенттері Хирургиялық аурулардың негіздерін меңгереді; жеделдетілген «Медицина» бағдарламасы бойынша 3 курс студенттері Жалпы хирургия пәнін оқиды; «Медико-профилактикалық іс» бағдарламасы бойынша 3 курс студенттері Хирургиялық аурулардың негіздерін және жарақаттанудың алдын алу пәндері бойынша оқыту жүргізіледі.
Интернатурада «Жалпы медицина» бағдарламасы бойынша 7 курс интерндері ЖТД-дегі онкология және Хирургиялық аурулар пәндерін оқиды; «Хирургия» бағдарламасы бойынша 6 курс студенттері хирургия бағыттағы пәндерді меңгереді; «Жалпы дәрігерлік практика» бағдарламасы бойынша 6 курс интерндері АМСК деңгейіндегі хирургиялық аурулар пәндерін оқиды.
Резидентурада «Жалпы хирургия» бағдарламасы бойынша 1–3 курс резиденттері Жалпы хирургияны оқиды; «Ересектер онкологиясы» бағдарламасы бойынша 1–2 курс резиденттері онкология пәнін меңгереді; ал «Радиациялық онкология» бағдарламасы бойынша 1–2 курс резиденттері радиациялық онкологияны оқиды.
Пәндер мемлекеттік, орыс және ағылшын тілдерінде жүргізіледі. Сонымен қатар, хирургия және онкология мамандықтары бойынша мамандандыру және біліктілікті арттыру түрінде дәрігерлердің үздіксіз білім беру факультетінде жұмыс жүргізіледі.
Кафедра мен ҚР ДСМ «Ұлттық сараптама орталығы» ШЖҚ РМК базасында кафедраның бастамашыл ғылыми-техникалық бағдарламасы бекітілген:
«Хирургиялық, онкологиялық және травматологиялық науқастарды емдеуде интервенциялық радиология, эндоваскулярлық онкология және эндовидеохирургиялық араласуларды қолдана отырып, инновациялық, миниинвазивті технологияларды жетілдіру және әзірлеу».
Аталған ғылыми бағыт аясында 2018–2025 жылдар аралығында медицина басылымдарында, ғылыми еңбектер жинақтарында 100-ден астам ғылыми және ғылыми-әдістемелік мақалалар жарияланды, 2 монография жарық көрді, Қазақстан мен Ресей Федерациясында алынған 30-дан астам өнертабысқа берілген патенттің нәтижелері клиникалық тәжірибеге енгізіліп, сәтті қолданылуда. 2 авторлық куәлік алынды, 12 магистрлік диссертация орындалып, сәтті қорғалды. 2025 жылы Туменбаева Ж.С. (PhD) докторлық диссертациясын сәтті қорғады, докторант Сұлтанов Қ.Ұ. қорғауға дайындалуда. Ғылыми зерттеу нәтижелері Қазақстанда және шетелде өткен 20-дан астам конференцияда баяндалды.
Интеграциялық академиялық медициналық орталықтар Ташкент медицина академиясымен, академик В. Вахидов атындағы Өзбекстан Республикасы Денсаулық сақтау министрлігінің Республикалық мамандандырылған хирургия орталығымен (РМХО) қол қойылған меморандум мен келісімшарттар негізінде құрылды.
2025 жылы өткен «Хирургиядағы инновациялық технологиялар» атты XXIX халықаралық ғылыми-тәжірибелік конференция — «Вахидов оқуларына» қатысып, баяндама жасалды. Бұл қатысу «Оңтүстік Қазақстан медицина академиясы» АҚ мен В.В.Вахидов атындағы Республикалық ғылыми-практикалық медициналық хирургия орталығы арасындағы қолданыстағы ынтымақтастық меморандумы аясында жүзеге асырылып, халықаралық ғылыми-тәжірибелік байланысты нығайтуға және тәжірибе алмасуға ықпал етті.
Баяндамада бауырдың суб- және декомпенсацияланған циррозы бар науқастарды инновациялық технологияларды қолдана отырып кешенді емдеудің заманауи әдістері ұсынылды. Ынтымақтастық туралы келісім аясындағы конференцияларға қатысу хирургия мен гепатология саласындағы халықаралық өзара әрекеттестіктің маңыздылығы мен болашағын айқындайды. Ортақ жобалар мен тәжірибе алмасу мүмкіндіктері талқыланды.
2025 жылдың 11 қарашасында «Хирургия және онкология» кафедрасының қызметкерлері Түркістан облысы Денсаулық сақтау басқармасының Облыстық клиникалық ауруханасымен бірлесіп, Қоджаелі медицина университетінің (Стамбул, Түркия) профессоры Иса Каманың қатысуымен қалқанша без ауруларын радиожиілікті абляция әдісімен емдеудің заманауи тәсілдеріне арналған шеберлік классымен мен дәрістер циклын өткізді. Іс-шара «Қалқанша бездің түйінді және кистозды түзілістерін микротолқынды абляциялау» тақырыбында өтті. Шеберлік класс хирург-дәрігерлерге, интервенциялық радиологтарға, онкологтар мен эндокринологтарға арналды. Қатысушыларға арнайы сертификаттар табысталды.
Кафедрада «Хирургия» атты студенттік ғылыми-тәжірибелік үйірме құрылып, тұрақты түрде жұмыс істейді. Үйірме қатысушылары жыл сайын теориялық және практикалық олимпиадаларға қатысады. Кафедра қызметкерлері 2022 жылы алғашқы ішкіуниверситеттік, ал 2023 жылы алғашқы халықаралық хирургиялық пәндер бойынша олимпиаданы сәтті өткізді.
2025 жылғы 16–18 қазан аралығында «Оңтүстік Қазақстан медицина академиясы» АҚ базасында хирургиялық пәндер бойынша III халықаралық практикалық олимпиада өтті. Шараға хирургия саласына қызығушылық танытқан студенттер мен интерндер, сондай-ақ қазылар алқасы және ұйымдастырушылар ретінде кафедра қызметкерлері қатысты.
Олимпиада бірнеше кезеңнен тұрды: командалардың шығармашылық таныстырылымы, хирургиялық түйін байлау, хирургиялық құралдарды тану, Пирогов анатомиясы, дессмургия, сіңірлерге тігіс салу, кардиохирургия, пластикалық, торакальды және абдоминальды хирургия, бассүйек трепанациясы, қол хирургиясы, бүйрек трансплантациясы сынды байқаулар қамтылды.
Аталмыш байқауға жақын және алыс шетелден келген 17 команда қатысты. Жоғары деңгейде өткен бұл беделді хирургиялық олимпиаданың қорытындысы бойынша «ОҚМА» АҚ-ның NSA командасы бірінші орынды жеңіп алды.
2025 жылғы 13–17 қазан аралығында Ташкент қаласында өткен «Өзбекстандағы Қазақстан медицинасы күндері» атты халықаралық хирургиялық олимпиадада «ОҚМА» АҚ командасы жүлделі III орынды иеленді.
Сондай-ақ, «ОҚМА» АҚ командасы «Хирургия» бағдарламасы бойынша өткен медициналық жоғары оқу орындары студенттерінің VII Республикалық теориялық-практикалық «MedUSE» олимпиадасында жүлделі II орынды жеңіп алды.
АО «ОҚМА» кафедрасының атынан төмендегідей келісімдер негізінде бірлескен ғылыми-зерттеу жұмыстарын жүргізу және магистранттар мен докторанттарды даярлау бойынша келісімдер бекітілді: А.Н. Сызғанов атындағы Хирургия ұлттық ғылыми орталығымен, Национальный научный центр хирургии им. А.Н. Сызганова (Қазақстан) [1]., Республиканский центр трансплантологии МЗ РК (Қазақстан)., Национальный научный центр травматологии и ортопедии им. Н.Д. Батпенова (Қазақстан)., Башкирский государственный медицинский университет (РФ)., Республиканский специализированный центр хирургии им. акад. В. Вахидова МЗ РУз (Өзбекстан)., Областная многопрофильная клиника ГУ 'Управления здравоохранения области Жетісу' (Қазақстан).
Сонымен қатар, аталған орталықтарда академиялық ұтқырлық аясында резиденттерді даярлау және клиникалық тағылымдамалар өткізу жүйесі жүргізілуде.
Кафедра қызметкерлерінің үйлесімді жұмысы нәтижесінде ресидентура саласындағы мамандықтардың аккредитациясы бойынша жоғары көрсеткіштерге қол жеткізілді.
Қазіргі уақытта кафедрада 1 медицина ғылымдарының докторы, 5 медицина ғылымдарының кандидаты қызмет атқарады. Жалпы кафедрада 30 қызметкер бар, оның ішінде 4 қызметкер – оқу-көмекші персонал (ОКП). Негізгі (штаттағы) қызметкерлер саны – 12 (46,2%), қосалқы қызметкерлер – 14 (53,8%). Кафедра бойынша ғылыми дәрежесі бар қызметкерлердің үлесі – 6 адам (23,07%) құрайды.
Кафедраның клиникалық базаларына облыстық клиникалық аурухана, Хирургия “Park Health”, DL-Eco клиникасы, №1 Қалалық клиникалық аурухана және Қалалық онкологиялық орталық жатады. Кафедра қызметкерлерінің қатысуымен бұл клиникалық базаларда заманауи инновациялық диагностика және емдеу әдістері енгізілген: видеолапароскопиялық және видеоторакоскопиялық әдістер, артроскопия, ісіктердің әртүрлі орналасу аймағында эндоваскулярлық араласулар, ірі буындарға әртүрлі реконструктивті операциялар.

Кафедра қызметкерлерінің ота бөлмесіндегі жұмысы.