ОҚМА Ғылыми Кеңесі – академияның білім беру, ғылыми-зерттеу және емдеу қызметіне жалпы басшылық жасайтын және оның ең маңызды мәселелерін қарастыратын сайланбалы өкілетті орган.
Ғылыми Кеңес төрағасы - ОҚМА ректоры Сейтжанова Ж.С.
Ғылыми Кеңес хатшысы - фарм.ғ.к. Серикбаева А.Д.
Қазақстан Республикасы Білім және ғылым министрі міндетін атқарушының 22.11.2007 ж. № 574 бұйрығымен бекітілген жоғары оқу орындарының Ғылыми Кеңесі қызметінің типтік ережелеріне сәйкес ОҚМА Ғылыми Кеңесінің құзыретіне келесідей қызметтер енеді:
1. Жоғары оқу орнының құрылымын бекіту;
2. Жоғары оқу орнының Жарғысына толықтырулар мен өзгерістер енгізу;
3. Жоғары оқу орнының оқу және ғылыми бөлімшелерін құру, қайта ұйымдастыру және тарату (зертханалар, кафедралар, институттар (факультеттер және тағы басқалар);
4. Жоғары оқу орнының даму тұжырымдамасын айқындау;
5. Жоғары оқу орнының оқу-тәрбиелік, ғылыми-зерттеу және шаруашылық қызметтерін ұйымдастырудағы барлық негізгі мәселелерін шешу;
6. Ректордың, проректорлардың, құрылымдық бөлімшелер басшыларының және оқу, ғылыми-зерттеу, тәрбие, қаржы, шаруашылық, ақпарат, халықаралық және басқа да қызмет түрлерін жүргізудегі бағыттары, нысандары және әдістері туралы жыл сайынғы есебін тыңдау;
7. Магистранттардың, докторанттардың ғылыми жетекші-кеңесшілерін және тақырыптарын бекіту;
8. Жоғары оқу орнының қаржы-шаруашылық қызметін бақылауды ұйымдастыру;
9. Бюджеттен тыс қаражаттарды пайдалану тәртібін, сондай-ақ ЖОО-да ақылы білім беру және өндірілген өнімдерді тарату жолымен алынған реинвестициялық кірістердің бағыттарын анықтау;
10. Атаулы стипендиялар мен сыйақыларды, ғылыми және құрметті атақтарды тағайындау және бекіту;
11. ЖОО-ның қызметкерлерін және шығармашылық ұжымын үкіметтік марапаттарға және құрметті атақтарға ұсыну туралы мәселелерді қарау;
12. Алқалық шешімді талап ететін ЖОО-ның ағымдық қызметінің өзге де мәселелерін қарау.
Ғылыми Кеңес мәжілістері әр айдың соңғы сәрсенбісінде ОҚМА-ның кіші мәжіліс залында өткізіледі.