Қаржы-экономикалық басқармасы - Оңтүстік Қазақстан медицина академиясының құрылымдық бөлімшелерінің бірі болып табылады. Бүгінгі таңда қаржы-экономикалық басқармасында бас бухгалтер Баймбетова Динара Аширханқызының басшылығымен он бір адам еңбек етуде. Штат санында бас бухгалтердің екі орынбасары, екі есепші бухгалтер, екі материалдық бухгалтер, екі студенттік бухгалтер және екі экономист лауазымдары бар. Бухгалтерлердің жоғары экономикалық білімі және 10 жылдан аса жұмыс тәжірибелері бар. Қаржы-экономикалық басқармасының барлық қызметкелері «1С; Кәсіпорын 8.1 Қазақстан бухгалтериясы» сертификаттық курсын тыңдап, куәлік алған. Қаржы-экономикалық басқармасының қызметкерлері тұрақты түрде өз кәсіби деңгейін жетілдіріп отырады. 2010 ж. қаңтардан бастап, бухгалтерлік есеп 1С : Бухгалтерия 8.1 бағдарламаларын қолдана отырып, жүргізіледі. Сондай-ақ салық есептілігін автоматтандырылған жүйемен жіберу жолға қойылған. Қаржы-экономикалық басқармасының қызметі күнделікті, атап айтсақ, тұтынушылардың экономикалық және басқару шешімдерін қабылдау кезінде қажетті қаржы жағдайын, қаржы нәтижесін және академия қаржысының қозғалысы туралы ақпарат беруге бағытталған жұмыстың үлкен көлемімен байланысты.