Финансово-экономическое управление - является одним из структурных подразделений Южно-Казахстанской медицинской академии. На сегодня в финансово-экономическое управление трудятся одиннадцать человек под руководством главного бухгалтера Баймбетовой Динары Аширхановны. В штатной численности присутствуют должности два заместителя главного бухгалтера, двух расчетных бухгалтеров, двух материальных бухгалтеров, двух бухгалтеров по работе со студентами и двух экономистов. Бухгалтера имеют высшее экономическое образование и опыт работы свыше 10 лет. Все сотрудники финансово-экономического управления получили свидетельство, прослушав сертифицированный курс «1С:Предприятие 8.1 Бухгалтерия для Казахстана». Сотрудники финансово-экономического управления постоянно повышают свой профессиональный уровень, все имеют сертификат профессионального бухгалтера. С января 2010 года бухгалтерский учет ведется с применением программы 1С Бухгалтерия 8.1. Так же в работе применяется автоматизированная система отправки налоговой отчетности. Деятельность финансово-экономическое управлении сопряжена с большим объемом повседневной, кропотливой работы, направленной на предоставление информации о финансовом положении, финансовых результатах и движении денежных средств академии, полезной для широкого круга пользователей при принятии экономических и управленческих решений.